โดยทั่วไปแล้วการใช้งานเครื่องฟอกอากาศควรใช้ในห้องที่ปิด เพราะเครื่องฟอกอากาศจะมีประสิทธิภาพมากที่สุดเมื่อปิดประตูและหน้าต่างทั้งหมด แต่เครื่องฟอกอากาศสามารถทำงานในห้องที่เปิดหน้าต่างได้ แต่ไม่ควรทำ เนื่องจากการเปิดหน้าต่างทิ้งไว้จะทำให้เครื่องฟอกอากาศทำงานได้ไม่เต็มประสิทธิภาพ อากาศภายในห้องก็ไม่สะอาด แต่หากอากาศภายนอกบ้านนั้นสะอาดและสดชื่นเพียงพอ ก็สามารถเปิดหน้าต่างหรือประตูทิ้งไว้เพื่อให้อากาศไหลเวียนเข้ามาได้